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Presentación de datos y calidad en los perfiles de microARN basados en microarrays.

ANTECEDENTES
El intercambio público de datos científicos se ha asumido como más importante en la era de las ómicas. La transparencia es necesaria para la confirmación y la validación, y algunos ayudan a los inspectores a extraer el máximo valor de los grandes conjuntos de datos. Así, el archivo de la base de datos y la provisión de la Información Mínima sobre el Experimento de Microarrays (MIAME) (3) exigida por la mayoría de las revistas como requisito previo para su revisión o aceptación.

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MÉTODO
En este estudio, la tasa de presentación de los datos y el cumplimiento MIAME revisado para 127 artículos se incluyeron microarray basado en perfiles de microARN (miARN) y publicado a partir de julio de 2011 hasta abril de 2012 en la revista que publicó el mayor número de artículos de este tipo – PLoS ONE, el Diario de Química Biológica, Sangre y Oncogenes – junto con los artículos de otras revistas 9, incluyendo Química Clínica, que el menor número de artículos publicados basado en array.

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RESULTADOS
En general, la presentación de los datos reportados en la publicación de <40% de todos los artículos, y casi el 75% de los artículos fueron MIAME obediente. En promedio, el artículo que incluye la presentación de datos completos anotó significativamente más alto en una métrica de calidad de los artículos con limitada o ninguna presentación de datos, y los estudios con una adecuada descripción del método proporcional incluyendo un mayor número de experimentos repetidos. Por último, algunos artículos no cumplen con el MIAME, el reanálisis de los datos revela menos que el apoyo completo a las conclusiones publicadas, en un caso conduciendo a la retracción.

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CONCLUSIÓN
Estos resultados ángulo que la reticencia a compartir los datos relacionados con los estudios de baja calidad y las investigaciones mostraron que la mayoría de los arrays de miRNA underpowered y / o potencialmente comprometida por la falta de presentación de informes y datos adecuados.

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 Data submission and quality in microarray-based microRNA profiling.

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M-DNA-100BP CORNING
1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT
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L1033-.1 ApexBio
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Las diferentes isoformas de DeltaNp63 regulan la expresión génica en el carcinoma de células escamosas: identificación de Cox-2 como nueva diana de p63.

El homólogo P53 de p63 produce seis isoformas diferentes que son importantes en el desarrollo de los tejidos epiteliales y del carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (SCCHN). En el SCCHN, la expresión de la isoforma p63 es muy compleja, con una sobreexpresión y una isoforma DeltaNp63 p63beta en muchos tumores. Hasta hace poco, se sabía poco sobre la función de las diferentes isoformas y dilucidar las propiedades distintivas de la isoforma DeltaNp63 ayudará a explicar cómo afectan a la biología del tumor.

Con el perfil de expresión génica de las células SCCHN que sobreexpresan la isoforma DeltaNp63 identificamos los diferentes efectos de las tres isoformas, siendo DeltaNp63beta más eficaz en la inducción génica de DeltaNp63alfa y DeltaNp63gamma, mientras que la más eficaz DeltaNp63gamma suprime la expresión génica. Así, los tumores que expresan niveles bajos incluso de DeltaNp63beta o DeltaNp63gamma pueden tener características clinicopatológicas distintas, esenciales para la metástasis y la respuesta a la terapia. La inducción de la ciclooxigenasa-2 (Cox-2) mostrada por cada isoforma y los datos confirmados independientemente por RT-PCR cuantitativa y western blotting.

Protein A protein
Fitzgerald
pLDH Protein Protein
Abbexa
pLDH Protein Protein
Abbexa

Fuentes :

  1. NCBI
  2. Gentaur

Trevor

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