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Los perfiles integrados de metabolitos y expresión génica identifican biomarcadores lipídicos asociados a la progresión del carcinoma hepatocelular y a los resultados de los pacientes.

OBJETIVO
Combinamos la expresión génica y el análisis del perfil metabólico para identificar los factores asociados a los resultados de los pacientes con carcinoma hepatocelular (CHC).

MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
PCR Mix
Biochain
PCR-EZ D-PCR MASTER MIX
Bio Basic
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit
Bioingentech

MÉTODO
Se comparó el patrón de metabolismo y expresión génica entre el tejido tumoral y no tumoral emparejado de 30 pacientes con CHC, y se validaron los resultados utilizando una muestra de 356 pacientes con CHC. Un total de 469 metabolitos fueron medidos mediante el uso de cromatografía / espectrometría de masas líquida y cromatografía de gases / masa. El metabolismo y los datos genómicos integrados, y Kaplan-Meier y el análisis de riesgos proporcionales de Cox se utilizó para un determinado patrón asociado con los resultados de los pacientes. factores relacionados fueron evaluados por su efecto sobre las células cancerosas in vitro y la formación de tumores en ratones desnudos.

Rat Cholesterol ELISA ELISA
E01A11128 BlueGene
Goat Cholesterol ELISA ELISA
E01A46041 BlueGene
Mouse Cholesterol ELISA ELISA
E01A19869 BlueGene
Human Cholesterol ELISA ELISA
E01A2368 BlueGene
Sheep Cholesterol ELISA ELISA
E01A98335 BlueGene

RESULTADOS
Se identificaron 28 metabolitos y 169 genes asociados al HCC agresivo. El metabolito lipídico estearoil-CoA desaturasa (SCD) está asociado a la actividad aberrante de la señal de palmitato en las muestras de HCC agresivo. La expresión de los productos génicos asociados a estos metabolitos, incluida la SCD, se asoció de forma independiente con el tiempo de supervivencia y la recurrencia de los tumores en los conjuntos de prueba y validación.

Paraffin Wax
Toronto Research Chemicals
Paraffin wax pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax Pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax Pellets
EWC Diagnostics

La expresión combinada de SCD y α-fetoproteína se asoció con los resultados de los pacientes con cáncer de hígado en fase inicial. Los niveles de ácido palmítico monoinsaturado, el producto de la actividad de la SCD, un aumento en el HCC agresivo; el ácido palmítico monoinsaturado aumentó la migración y la invasión de las células de HCC cultivadas y la formación de colonias por las células de cáncer de hígado. Las células de CHC que expresaron un pequeño ARN de interferencia contra la SCD disminuyeron la migración celular y la formación de colonias en cultivo y redujeron la tumorigenicidad en ratones.

Rat Cholesterol ELISA ELISA
E01A11128 BlueGene
Goat Cholesterol ELISA ELISA
E01A46041 BlueGene

CONCLUSIÓN
Mediante el uso de una combinación de la expresión génica y el análisis del perfil metabólico, identificamos una red de lipogénicos que involucra a la SCD y la señal palmítica y que se asocia con el desarrollo de HCC y los resultados de los pacientes. La plataforma de microarrays y los datos que se han enviado al Gene Expression Omnibus en la base de datos pública del NCBI siguiendo las directrices MIAME. números de acceso: GPL4700 (plataforma), y GSE6857 (muestra).

Integrated metabolite and gene expression profiles identify lipid biomarkers associated with progression of hepatocellular carcinoma and patient outcomes.

Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
0-120-0005 Biologics
Tapered Micro Tips
0-120-0007 Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
0-120-0008 Biologics
10 mm Diameter Solid Titanium Tip
0-120-0009 Biologics
13 mm Diameter Tapped Titanium Tip
0-120-0010 Biologics

Interferome v2.0: base de datos actualizada de los genes regulados por el interferón descritos.

Interferome v2.0 es una actualización de una versión anterior de DB Interferome NAR publicada en la edición de 2009 de la base de datos. Una infraestructura informática mucho mejor permite ahora realizar consultas más complejas y rápidas, y admite más conjuntos de datos de células tratadas con interferón (IFN) de tipo I, II y III, de rata o humano.

Cuantitativo, MIAME datos apropiados se recoge, llevó a cabo un análisis exhaustivo, estandarizado, cuantitativo y estadístico y, a continuación, los cambios significativos en la expresión génica se cargan. una amplia colección manual de metadatos en v2.0 permite flexible, la capacidad de búsqueda detallada, incluidos los parámetros: rango doble cambio, el tipo de IFN, la concentración y el tiempo, y la célula / tipos de tejido.

Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
0-120-0005 Biologics
Tapered Micro Tips
0-120-0007 Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
0-120-0008 Biologics
10 mm Diameter Solid Titanium Tip
0-120-0009 Biologics

No hay límite en el número de genes que se pueden utilizar para buscar en la base de datos en una consulta. El análisis secundario, como la ontología genética, los factores reguladores, la localización del cromosoma de la parcela o la expresión tisular de los genes regulados por el IFN (IRG), se puede realizar en Interferome v2.0, o los datos se pueden descargar en formato de texto que es fácilmente compatible con el programa común de análisis secundario. Dada la importancia del IFN en la respuesta inmunitaria innata en las enfermedades infecciosas, inflamatorias y el cáncer, esta actualización de Interferome a la versión 2.0 facilitará la identificación de firmas de genes importantes en la patogénesis de esta enfermedad.

Fuentes :

  1. NCBI
  2. Gentaur
Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
Biologics
Tapered Micro Tips
Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
Biologics
10 mm Diameter Solid Titanium Tip
Biologics

Trevor

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