Uncategorized

Los perfiles integrados de metabolitos y expresión génica identifican biomarcadores lipídicos asociados a la progresión del carcinoma hepatocelular y a los resultados de los pacientes.

TrevorDecember 3, 2022

OBJETIVO
Combinamos la expresión génica y el análisis del perfil metabólico para identificar los factores asociados a los resultados de los pacientes con carcinoma hepatocelular (CHC).

MÉTODO
Se comparó el patrón de metabolismo y expresión génica entre el tejido tumoral y no tumoral emparejado de 30 pacientes con CHC, y se validaron los resultados utilizando una muestra de 356 pacientes con CHC. Un total de 469 metabolitos fueron medidos mediante el uso de cromatografía / espectrometría de masas líquida y cromatografía de gases / masa. El metabolismo y los datos genómicos integrados, y Kaplan-Meier y el análisis de riesgos proporcionales de Cox se utilizó para un determinado patrón asociado con los resultados de los pacientes. factores relacionados fueron evaluados por su efecto sobre las células cancerosas in vitro y la formación de tumores en ratones desnudos.

RESULTADOS
Se identificaron 28 metabolitos y 169 genes asociados al HCC agresivo. El metabolito lipídico estearoil-CoA desaturasa (SCD) está asociado a la actividad aberrante de la señal de palmitato en las muestras de HCC agresivo. La expresión de los productos génicos asociados a estos metabolitos, incluida la SCD, se asoció de forma independiente con el tiempo de supervivencia y la recurrencia de los tumores en los conjuntos de prueba y validación.

La expresión combinada de SCD y α-fetoproteína se asoció con los resultados de los pacientes con cáncer de hígado en fase inicial. Los niveles de ácido palmítico monoinsaturado, el producto de la actividad de la SCD, un aumento en el HCC agresivo; el ácido palmítico monoinsaturado aumentó la migración y la invasión de las células de HCC cultivadas y la formación de colonias por las células de cáncer de hígado. Las células de CHC que expresaron un pequeño ARN de interferencia contra la SCD disminuyeron la migración celular y la formación de colonias en cultivo y redujeron la tumorigenicidad en ratones.

CONCLUSIÓN
Mediante el uso de una combinación de la expresión génica y el análisis del perfil metabólico, identificamos una red de lipogénicos que involucra a la SCD y la señal palmítica y que se asocia con el desarrollo de HCC y los resultados de los pacientes. La plataforma de microarrays y los datos que se han enviado al Gene Expression Omnibus en la base de datos pública del NCBI siguiendo las directrices MIAME. números de acceso: GPL4700 (plataforma), y GSE6857 (muestra).

Interferome v2.0: base de datos actualizada de los genes regulados por el interferón descritos.

Interferome v2.0 es una actualización de una versión anterior de DB Interferome NAR publicada en la edición de 2009 de la base de datos. Una infraestructura informática mucho mejor permite ahora realizar consultas más complejas y rápidas, y admite más conjuntos de datos de células tratadas con interferón (IFN) de tipo I, II y III, de rata o humano.

Cuantitativo, MIAME datos apropiados se recoge, llevó a cabo un análisis exhaustivo, estandarizado, cuantitativo y estadístico y, a continuación, los cambios significativos en la expresión génica se cargan. una amplia colección manual de metadatos en v2.0 permite flexible, la capacidad de búsqueda detallada, incluidos los parámetros: rango doble cambio, el tipo de IFN, la concentración y el tiempo, y la célula / tipos de tejido.

No hay límite en el número de genes que se pueden utilizar para buscar en la base de datos en una consulta. El análisis secundario, como la ontología genética, los factores reguladores, la localización del cromosoma de la parcela o la expresión tisular de los genes regulados por el IFN (IRG), se puede realizar en Interferome v2.0, o los datos se pueden descargar en formato de texto que es fácilmente compatible con el programa común de análisis secundario. Dada la importancia del IFN en la respuesta inmunitaria innata en las enfermedades infecciosas, inflamatorias y el cáncer, esta actualización de Interferome a la versión 2.0 facilitará la identificación de firmas de genes importantes en la patogénesis de esta enfermedad.

Fuentes :

1. NCBI
2. Gentaur